Так как Жорес Алферов является почтенным гражданином Санкт-Петербурга, организацию похорон взял на себя Смольный. Детали церемонии прощания, которая прошла в Санкт-Петербургском центре РАН (в этом здании был рабочий кабинет Алферова), обговаривали с родными почившего академика. У гроба были выставлены часовые, в зале прощания находилась знаменная группа с государственным флагом России и флагом Петербурга с траурными лентами.
Государственная Дума на пленарном заседании почтила память ученого минутой молчания. Соболезнования выразил семье выдающегося физика и президент России.
Родные Жореса Алферова приняли решение похоронить ученого на Комаровском кладбище. Поселок в Курортном районе Петербурга, расположенный на берегу Финского залива, известен тем, что в нем расположены дачи деятелей искусств – писателей, композиторов, художников. На Комаровском кладбище нашли свое последнее пристанище деятели культуры и науки, военного дела и медицины. Здесь похоронены Анна Ахматова, Даниил Гранин, Андрей Краско и другие. На церемонии похорон военнослужащие несли портрет и награды ученого. Были даны три залпа стрелкового салюта.
