- Государственный мемориальный музей обороны и блокады Ленинграда
Музей начал работать еще в период Великой Отечественной войны, а его официальное открытие состоялось 27 января 1946 года. К этому времени в коллекции музея было уже около 40 тысяч экспонатов, связанных с блокадой. Однако в конце 40-х годов экспозицию признали идеологически ошибочной, так как в ней акцентировалось внимание на героизме ленинградцев, а не на роли партии и Сталина. В итоге музей закрыли для публики. Окончательно его уничтожили в 1953 году. Восстановили Музей обороны Ленинграда лишь в 1989-м.
- Государственный музей истории религии
Его существование оказалось под вопросом сразу после окончания войны. По предложению директора Литературного музея Владимира Бонч-Бруевича в Москве создали свой Музей истории религии. И в 1946 году предложили слить ленинградский и московский музеи, а заодно «предоставить право директору Музея истории религии АН СССР (в Москве) доктору исторических наук В. Д. Бонч-Бруевичу распоряжаться всеми имущественно-материальными ценностями, денежными средствами и личным составом Музея истории религии АН СССР (в Ленинграде)». Одним из аргументов было то, что Казанский собор, в котором и находился ленинградский Музей истории религии, нуждался в серьезной реставрации. В конце 40-х годов сотрудникам все-таки удалось отбить эти атаки.
В 1991 году музей выселили из Казанского собора, а храм передали Церкви. Переезд стал для коллектива новым испытанием.
- Государственный музей-памятник «Исаакиевский собор»
В 2016 году РПЦ передали два храма, которые до этого входили в комплекс музея - Смольный и Сампсониевский соборы. В 2015 году Церковь попросила передать ей уже Исаакиевский собор. Тогда губернатор Георгий Полтавченко отказал РПЦ. Но в 2017 году решение изменили и Исаакий все-таки решили отдать Церкви. Без этого храма под вопросом оказывается и будущее всего комплекса «Исаакиевский собор» (помимо Исаакия, включает Спас на Крови и два адреса на Думской, 2, и Большой Морской, 40, которые город отдал музею вместо Смольного и Сампсониевского соборов).
- Российский государственный музей Арктики и Антарктики
В начале 90-х годов представители прихода единоверцев (подчиняются Московскому патриархату) впервые попытались вернуть себе здание музея. Они действовали на том основании, что с 1910 года храм был в пользовании единоверцев. Тогда суд им отказал. Следующие попытки были в 2013 году, в 2015-м и 2016-м. Последняя закончилась отставкой директора музея Арктики и Антарктики Виктора Боярского, который был ярым противником передачи здания музея единоверцам.
- Музей детского творчества
В отличие от предыдущих музеев, Музей детского творчества даже не смог открыться. В 1996 году вышло распоряжение мэра Анатолия Собчака о строительстве комплекса зданий музея детского творчества по Мичуринской улице, 13. На доме тогда даже повесили табличку, что здесь располагается музей. Однако дальше этого дело не пошло. По какой-то причине о музее на Мичуринской забыли. Хотя табличка висит там и по сей день.
